1.含苯废水处理：
农药厂每生产一吨六六六会排出3～4吨含苯废水,含苯量1500～2000毫克／升。这种废水可通过蒸馏,使排放的废水含苯量降至0.2毫克／升。另有少量含六六六废水，可用煤矸矿渣吸附，吸附饱和后，取出阴干，作六六六粉剂填料使用。
2.含有机磷废水处理：
生产有机磷农药会产生有机磷废水，例如生产乐果会产生高浓度的有机磷废水,其COD值在10000毫克／升以上,含有机磷约1000毫克／升。废水中所含的乐果、甲醇、二甲胺等物质，可用萃取或蒸馏等方法回收，然后用生物法进行无害化处理。为保证生物处理的正常进行，提高处理效果，必须进行适当的前处理，方法有：①静置法：废水在进行生物处理阶段前，先在静置池停放三天以上,使一些有害物质水解,并使许多无机物沉淀下来。②碱解法：将废水pH值调整到12～14，废水中80％以上的有机磷会被破坏而成为中间产物。③活性炭吸附法：废水可先用活性炭吸附，除去一部分生物难以降解的和对生物处理有害的物质。④湿式氧化法：废水的COD如超过50000毫克／升，可用此法。废水温度在约180℃和20～50千克力/厘米2的压力下,可氧化分解有机磷、有机硫80％以上，其余低分子化合物，就易于被生物降解。⑤酸性水解法：通常采用低压酸解。加酸使废水的酸度达到0.5N,压力4～6千克力/厘米2，温度120～150℃，酸解时间1～2小时,有机磷转化成无机磷的效率在70％以上。再投入适当的石灰乳。经过前处理后的废水进行生物处理，一般采用曝气池，曝气时间约15～20小时,每立方米容积负荷每天约为0.3～0.8 公斤的BOD（生化需氧量），其去除率约 80～90％，而COD去除率约50～70％。一次生物处理达不到国家规定的废水排放标准，往往要进行二次生物处理，或采用活性炭吸附法进一步处理。
生产对硫磷产生的废水含有对硝基酚、对硫磷、硫化物、食盐等物质，并且还因含有相当多的盐酸而使废水呈酸性，其pH值约为1，BOD约为4000毫克／升。用生物法处理,要先在中和池中加石灰中和，使pH值达到6.8，接着进入均和池使废水混合均匀，然后进入曝气池利用含有驯化的特效菌种的活性污泥进行处理,BOD可降至10～20毫克／升,曝气池按BOD0.5～0.6千克／（米3·日）的容积负荷设计，BOD去除率为85～90％,酚化物可去除90～98％。
还可用化学氧化法处理对硫磷废水。例如废水经沉淀后流入分解槽中，可投加苛性钠使pH值达到8.5,并加热至70～80℃进行分解；亦可投加漂白粉,经过7～10天的分解后对硫磷含量可降至1ppm。
3.高浓度含盐废水处理：
用敌百虫碱解法生产敌敌畏，每吨产品有5～7吨高浓度含盐废水，含盐量高达10％左右,每升含COD达数万毫克,含有机磷约1000毫克,还含有0.6％左右的敌敌畏等有毒物质。这种废水宜用浓缩焚烧法或湿式氧化法处理。
4.高浓度含酚废水处理：
生产对硫磷、甲基对硫磷、杀螟松、除草醚和亚磷酸三甲酯会产生高浓度含酚废水。对这类废水，可通过溶剂萃取脱酚，将酚回收，使废水的含酚浓度小于300毫克／升,并作适当的前处理后再进行生物处理或化学氧化处理（见含酚废水处理）。
5.含汞废水处理：
生产有机汞农药产生含汞废水。以生产醋酸苯汞为例，含汞废水主要是对制造设备、器具、手套等的冲洗水。废水因含醋酸而呈酸性，汞化物呈溶解状态。这种废水可用硫化物沉淀法处理。废水先流入沉淀槽中，加硫化钠形成硫化汞沉淀，出水经砂滤池或活性炭滤池过滤，除去细小的硫化汞悬浮颗粒。沉淀的硫化汞经再生纯化后可回用。
农药废水处理，除上述方法外，还有反渗透法、活性炭-生物膜法等，对这些方法的研究,也已取得较好成果。农药生产的工艺改革，降低原料单耗和以低毒、低残毒农药取代剧毒农药方面，日益受到重视；一些国家已禁止生产六六六等有机氯、有机汞农药，积极研究和使用微生物农药。这是一条从根本上防止农药废水污染环境的途径。
